A escolha do clã é essencial no RPG, por isso escolha com sabedoria.

As habilidades iniciais que um clã recebe fazem parte das suas 7 habilidades de classe.

Aburame

Descrição: Ninjas do clã Aburame convivem desde crianças com insetos que usam do corpo do ninja como um ninho. Os insetos auxiliam o ninja em combate e com o passar dos anos os ninjas do clã tendem a aprender técnicas secretas relacionadas com os insetos que hospeda em seu corpo.

Habilidade Inicial: Aburame (concede acesso aos hijutsus aburame)
Atributo Inicial: +1 Ninjutsu

Akimichi

Descrição: Ninjas do clã Akimichi são desde
Habilidade Inicial: Akimichi (concede acesso aos hijutsu akimichi)
Atributo Inicial: +1 Força

Hoshigaki

Descrição:
Habilidade Inicial: Corpo Hoshigaki; ninjas do clã Hoshigaki nascem com uma reserva de chakra maior que o normal, possuindo um chakra bônus de 300 e também tendo um corpo adaptável ao ambiente aquático, conseguindo ficar três vezes mais do que um ser humano comum dentro d'água.
Atributo Inicial: +1

Hoozuki

Descrição:
Habilidade Inicial: Corpo Hoozuki; acesso ao Suika no Jutsu e demais jutsus do clã Hoozuki.
Atributo Inicial: +1 Ninjutsu

Hyuuga

Descrição:
Habilidade Inicial: Byakugan; acesso ao byakugan e aos hijutsus do clã hyuuga.
Atributo Inicial: +1 Taijutsu

Inuzuka

Descrição:
Habilidade Inicial: Inuzuka; acesso a um cãozinho companheiro desde o começo do jogo lhe auxiliando nas batalhas e hijutsus do clã inuzuka.
Atributo Inicial: +1 Velocidade

Juugo

Descrição:
Habilidade Inicial: Senjutsu;
Atributo Inicial: --

Nota: a habilidade inicial do clã Juugo é uma habilidade de classe II, permitindo a ele uma formação de 7 habilidades de classe mais poderosa que os demais clãs, sendo assim não possui atributo inicial bônus.

Kaguya

Descrição:
Habilidade Inicial: Shikkotsmyaku
Atributo Inicial: +1 Taijutsu +1 Força

Nara

Descrição:
Habilidade Inicial: Nara
Atributo Inicial: +1 Inteligência

Senju

Descrição:
Habilidade Inicial: Corpo Senju
Atributo Inicial: +2 pontos de atributos a sua escolha

Uchiha

Descrição:
Habilidade Inicial: Sharingan
Atributo Inicial: +1 Ninjutsu

Uzumaki

Descrição:
Habilidade Inicial: Corpo Uzumaki
Atributo Inicial: +1 Stamina

Yamanaka

Descrição:
Habilidade Inicial: Yamanaka
Atributo Inicial: +1 Inteligência

Yuki

Descrição:
Habilidade Inicial: Hyouton
Atributo Inicial: +1 Ninjutsu

Jiton

Descrição:
Habilidade Inicial: Jiton
Atributo Inicial: +1 Ninjutsu

Bakuton

Descrição:
Habilidade Inicial: Bakuton
Atributo Inicial: +1 Ninjutsu

Sakon/Ukon

Descrição:
Habilidade Inicial: Corpo Duplo
Atributo Inicial: +1 Taijutsu